社歴によると延暦元年（782）の創立という。
日光二荒山神社の分社的性格をもち、日光山鹿沼今宮権現と称した。
天文3年（1535）日光神領惣政所の地位にあった壬生綱房が、鹿沼築城と共に現在地に遷し、今宮権現と称して城の鎮守とした。
天正18年（1590）豊臣秀吉の関東平定に伴い壬生氏滅亡後鹿沼宿の氏神となる。
徳川幕府から五十石の朱印地を拝領し、慶長13年（1608）3月今宮権現が現在見られるような優美な権現作りの社殿（県文化財指定）と整備された。
明治維新とともに神仏が分離され今宮神社と称号が改められ昭和6年には栃木県県社に昇格した。
戦後は宗教法人今宮神社として崇敬を集めている。
例大祭に行われる鹿沼今宮付け祭りは国指定重要無形民俗文化財となっている。